Ołtarz został zrobiony w formie sarkofagu, na wzór dawnych ołtarzy , które były zakładane na grobach męczenników. Relikwie patronki kościoła świętej Jadwigi, które przekazał Ojciec Święty Jan Paweł II, zostały umieszczone właśnie w tym sarkofagu. Za ołtarzem ale w górnej strefie umieszczono tabernakulum. Tłem dla tabernakulum i ołtarza jest wielki witraż , który tworzy girlandę dla Krzyża, kopii krzyża wawelskiego przed którym modliła się św. Jadwiga. Jej posąg odlany w brązie umieścił artysta Maciej Zychowicz na schodach prezbiterium, aby swoim wstawiennictwem wypraszała u Ukrzyżowanego potrzebne łaski dla ludu powierzonego Jej pieczy.

Trzy inne wielkie witraże zostały poświęcone: południowy - Duchowi Świętemu; północny - Bogu Ojcu Stworzycielowi Wszechświata i wschodni - tajemnicy Świętych Obcowania. W tym ostatnim artysta Jerzy Skąpski umieścił podobizny świętych i błogosławionych związanych z Janem Pawłem II.

Na uwagę zasługuje Droga Krzyżowa wykonana przez artystę Macieja Zychowicza, który zbidował każdą stacje z elementów marmuru, brązu i drewna.

W prezbiterium jest umieszczony obraz Matki Bożej Częstochowskiej, kopia wykonana przez krakowskiego artystę Stanisława Kubicę. Ten obraz przypomina, że święta Jadwiga była wielką czcicielką Matki Bożej, a wyjeżdżając z Węgier, żegnana przez zatroskaną matkę Elżbietę, otrzymuje "drogocenny obraz Matki Bożej czczony w rodzinie".

W zakrystii kościoła znajdują się kielichy i ornaty darowane przez Ojca Świętego Jana Pawła II dla parafii św. Jadwigi.

W kaplicy dolnego kościoła zobaczymy obraz Matki Bożej Ostrobramskiej, namalowany w roku 1993 przez artystę Tadeusza Borutę oraz Drogę Krzyżową krakowskiej artystki Teresy Tarczyńskiej. Witraż w tej kaplicy poświęcony sakramentowi Chrztu Świętego jest fundacją katolików z Kolonii, którzy swoją ofiarnością przyczynili się do ukończenia świątyni. Wystrój kaplicy jest wspólnym dziełem Teresy Tarczyńskiej i Macieja Zychowicza.