Był to pierwszy papieski bieg na tej trasie. Ze względu na długi dystans i trudną trasę bieg podzielony został na dwa etapy: sztafetowy i otwarty. W sztafetach wystartowało 125 biegaczy podzielonych na 5 zmian. Wystartowali oni w sobotę o godz. 10:00 rano z Wadowic podzieloną na cztery odcinki trasą, która zakończyła się w Ośrodku Sportu i Rekreacji "Kolna" w Tyńcu. Bieg zespołów sztafetowych na trasie Wadowice - Tyniec miał charakter symboliczny, bez rywalizacji sportowej. O klasyfikacji końcowej zespołów sztafetowych zadecydował czas i miejsce zajęte przez zawodnika na ostatniej, piątej zmianie z Tyńca na ul. Franciszkańską. Uczestnicy biegu otwartego wystartowali o godzinie 15:00 na trasę o długości około 13 km (z Tyńca na ulicę Franciszkańską). Zakończenie biegu miało miejsce pod Oknem Papieskim.

Jak podkreśliła wiceprezydent Krakowa Magdalena Sroka na konferencji prasowej poprzedzającej wydarzenie, bieg papieski łączy w sobie wartości zarówno sportowe, jak i duchowe. "Bieg papieski niewątpliwie jest wydarzeniem, które wpisuje się po pierwsze w rok beatyfikacji, pokazuje również, jak ważne są te wartości, których symbolem był Jan Paweł II: wytrwałość, dążenie do celu, aktywność. Właśnie tak aktywnie chcemy pokazać, że życie aktywne jest wartościowe" - podkreśliła wiceprezydent.

Bieg Śladami Jana Pawła II to nowa inicjatywa Krakowa, realizowana w ramach programu "Kraków Biega, Kraków Spaceruje". Termin biegu został wybrany dla upamiętnienia ostatniej pielgrzymki Jana Pawła II do Polski, która miała miejsce w Krakowie w dniach od 16 do 19 sierpnia 2002 roku.

Patronat honorowy nad Biegiem Śladami Jana Pawła II objął metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz.